格达活佛走后，人们天天计算他的行程，等候他的佳音。大约是9月中旬的一天，忽然传来一个噩耗：格达活佛已在昌都遇害身亡了！
原来，格达活佛一行是7月24日到昌都的。他广泛接触了僧俗各界人士，以自己的亲身经历，介绍解放军进驻甘孜地区后，如何尊重藏族的宗教信仰和风俗习惯，如何保护帮助藏族群众。在昌都的亲帝分裂主义分子对他又恨又怕，不准格达继续西进。8月13日，是格达到昌都的第十天，帝国主义特务分子就在格达活佛喝的茶水里下了毒药，活佛饮了毒茶后，被软禁在英国特务福特住室的楼下，不准随行人员接近。他的男女弟子要去看他，也遭拒绝。格达活佛在中毒后生命垂危之际，仍要拍电报给拉萨的朋友，请他们设法帮助他实现去拉萨的意愿。并说：“我死也不悔，但求到拉萨一见达赖活佛。”这更引起帝国主义特务分子的恐惧和忌恨，于是他们再下毒手，于8月21日又给格达活佛服了毒药。活佛中毒后，即腹痛、头痛、口吐黄水、鼻耳流血流脓、四肢麻木，第二天——8月22日就圆寂了。死后全身乌黑，皮肤触手即行脱落……
格达活佛遇害，全国震惊，激起各族人民的极大义愤。十八军官兵更是群情激愤，向隔江对峙的藏军挥拳怒骂。