就在王敦准备妥当，等候良机出兵之际，老天又给王敦送来了一个好消息，让他可以肆无忌惮地与司马睿开战了。原来，那时候正是北方祖逖病故的时间点。祖逖死后，其弟祖约承袭了他的平西将军、豫州刺史一职，继续屯兵河南，以待时机北伐。
这个消息可把王敦高兴坏了，他激动地对他的狗头军师钱凤说道：“自打周玘死后，整个朝中能让我所忌惮的也只有周访和祖逖一南一北两人而已，如今两人俱亡，我还有什么可担忧的呢！”
永昌元年（322）正月，王敦以“清君侧”的名义起兵，表示要诛杀皇帝身边的刁协、刘隗等人。随后王敦兵分两路，水陆并进，直指建康。而王敦那边一起兵，身处吴郡的沈充自然也是不甘落后，尽起吴郡兵马响应王敦。
王敦叛乱的消息传到中央，司马睿居然丝毫都没有惊讶，或许在他心中早已明白：这一天终究是要来的。司马睿拿出少有的壮志豪情，下诏道：“有杀逆贼王敦的义士，赏千金，封万户侯！朕也当亲率六军诛除逆贼王敦！”是可忍，孰不可忍，琅邪王家作威作福久了，已经把这天下想当然地当成是自己家的了，而此时王敦的所作所为已经触及司马睿底线了。